Archivácia e-faktúr a príprava dokladov na daňovú kontrolu

Stav k 19. októbru 2026. Článok vychádza zo zákona o DPH a zákona o účtovníctve v znení účinnom od 1. 1. 2027 (novela č. 385/2025 Z. z.), z daňového poriadku a z materiálov Finančnej správy SR. Ak sa zmenia, článok aktualizujeme.

Ako dlho treba uchovávať faktúry a účtovné doklady

Lehoty sú v troch zákonoch. Neodporujú si, ale každý ich počíta trochu inak:

Lehotu na vyrubenie dane upravuje § 69 daňového poriadku. Je to 5 rokov od konca roka, v ktorom vznikla povinnosť podať daňové priznanie. Ak sa pred jej uplynutím urobí úkon smerujúci k vyrubeniu dane, napríklad sa doručí protokol z daňovej kontroly, lehota plynie znova, najdlhšie však 10 rokov. Pri dokladoch, ktoré sa týkajú neskončeného konania, súdneho sporu, nezaplatených záväzkov alebo záručných lehôt, sa lehota ešte predlžuje (§ 36 ods. 1 a 3 zákona o účtovníctve).

Pri klientovi, ktorý zaniká bez právneho nástupcu alebo končí podnikanie, je dôležitý § 35 ods. 6 zákona o účtovníctve. Pred zánikom musí informovať daňový úrad, kto bude jeho účtovnú dokumentáciu uchovávať. Ak to neurobí, povinnosť prechádza na posledný štatutárny orgán.

Elektronický, alebo papierový doklad: čo zákon dovoľuje

Zákon o účtovníctve rozlišuje listinný a elektronický účtovný záznam (§ 31 ods. 2). Pre oba platí rovnaká požiadavka: účtovná jednotka musí zabezpečiť vierohodnosť pôvodu, neporušenosť obsahu a čitateľnosť záznamu od jeho vyhotovenia alebo prijatia až do konca lehoty uchovávania (§ 31 ods. 3). Zákon o DPH má pre faktúry rovnakú požiadavku v § 71 ods. 3. Ako ju splníte, si zdaniteľná osoba určí sama, napríklad kontrolnými mechanizmami podnikových procesov, elektronickým podpisom alebo elektronickou výmenou údajov.

Prevod z papiera do elektronickej podoby

Zmenu podoby záznamu volá zákon transformácia (§ 33). Pravidlá v znení účinnom k 19. 10. 2026 aj od 1. 1. 2027:

• Transformovať sa dá len preukázateľný účtovný záznam a len taký, ktorý ešte nebol transformovaný. Ďalej sa uchováva výsledok transformácie (§ 33 ods. 2).
• Z papiera do elektronickej podoby sa prevádza zaručenou konverziou alebo skenovaním. Pri skenovaní musí byť zabezpečená úplnosť, obsahová aj vizuálna zhoda s originálom, čitateľnosť celej plochy a neporušenosť obsahu (§ 33 ods. 3 a 5).
• Takto vzniknutý záznam sa považuje za preukázateľný a originál sa predkladať nemusí, ak osobitný predpis neustanovuje inak (§ 33 ods. 7).

Prevod z elektronickej podoby na papier

Táto téma sa v diskusiách účtovníkov opakovane objavuje ako „zákaz prevodu elektronického dokladu do papiera“. Úplný zákaz to nie je, podmienky sú však prísne:

• Z elektronickej podoby na papier môže doklad previesť len účtovná jednotka, ktorá neuchováva účtovné záznamy v elektronickej podobe, a len vtedy, ak záznam neobsahuje kvalifikovaný elektronický podpis ani kvalifikovanú elektronickú pečať (§ 33 ods. 4).
• Tlač musí zaručiť neporušenosť a čitateľnosť obsahu (§ 33 ods. 6).
• Od 1. 1. 2027 pribúda do § 35 ods. 2 nová veta: ak zákon alebo osobitný predpis ustanovuje elektronický formát, v ktorom sa má účtovný záznam vyhotoviť a uložiť, účtovná jednotka ho musí v tomto formáte aj uchovávať. Zaviedla ju novela č. 385/2025 Z. z., teda tá istá, ktorá zavádza e-faktúru. Poznámka pod čiarou pri tejto vete síce zákon o DPH výslovne neuvádza, má však slovo „napríklad“. Pri e-faktúre, ktorej formát predpisuje § 85o zákona o DPH, preto rátajte s tým, že tlač ani PDF uloženie XML nenahradí.

Archivácia e-faktúr v XML: čo hovorí finančná správa

Platiteľ uchováva e-faktúru 10 rokov od skončenia roka, ktorého sa týka (§ 85o ods. 15). Ako ju má uchovávať, materiály finančnej správy neopisujú jednotne:

Treba rozlišovať aj, koho sa § 85o ods. 15 týka. Podľa manuálu FS sa vzťahuje len na platiteľov DPH, a to v postavení dodávateľa aj odberateľa. Neplatiteľ, ktorý e-faktúru dostane, túto povinnosť podľa zákona o DPH nemá. Ako účtovná jednotka však stále podlieha zákonu o účtovníctve a jeho lehotám uchovávania.

Kto drží archív: platiteľ, nie poštár

FAQ finančnej správy uvádza výslovne: poskytovateľ doručovacej služby nemá zákonnú povinnosť uchovávať zaslané XML súbory. Poštár musí zabezpečiť vierohodnosť, neporušenosť a čitateľnosť e-faktúry len od odoslania po doručenie (§ 76a ods. 2 písm. c)). Za uchovanie počas 10 rokov zodpovedá platiteľ.

V diskusiách účtovníkov sa objavuje aj upozornenie, že bezplatné balíky poštárov archív nemajú alebo ho majú len obmedzený. Zákon žiadny „certifikovaný archív“ pre faktúry nevyžaduje. Vyžaduje vierohodnosť, neporušenosť, čitateľnosť a prístup pre daňový úrad. Čo presne ktorý balík obsahuje, treba overiť v zmluve a v podmienkach konkrétneho poskytovateľa. Manuál FS odporúča už pri výbere zistiť, „ako bude zabezpečená archivácia elektronických faktúr, ich vyhľadávanie, zobrazenie a prípadný export“. Pri výbere poštára pomôže aj článok Poštár pre e-faktúru: ako vybrať poskytovateľa.

Čo ak klient zmení poštára alebo poštár skončí

• Zmena poštára je podľa FAQ FS zmluvná vec medzi podnikateľom a poskytovateľmi. Pôvodný poskytovateľ musí klienta do 3 pracovných dní od skončenia zmluvy odregistrovať v centrálnom SMP. Prenos archívu medzi poštármi FAQ nerieši.
• Poštár môže zo zoznamu certifikovaných poskytovateľov vypadnúť. Finančné riaditeľstvo 1. 1. 2027 vymaže z evidencie poskytovateľa, ktorý do 15. 12. 2026 nepreukáže splnenie podmienky automatizovaného oznamovania údajov (§ 85o ods. 19 v znení od 1. 1. 2027).
• V oboch prípadoch platí to isté: XML musí byť stiahnuté u klienta alebo v kancelárii skôr, než sa zmluva skončí. Ak sa e-faktúry ťahajú priamo do účtovného programu, overte, či program ukladá aj pôvodné XML, nielen zaúčtované údaje. Postup podľa programov opisuje článok Ako dostať prijaté e-faktúry do POHODY, OMEGY, Money a MRP.

Daňová kontrola: v akej podobe doklady predložiť

Kontrolu správca dane spravidla oznamuje vopred. V oznámení určí lehotu na predloženie všetkých dokladov potrebných na kontrolu a poučí o následkoch, ak ich nepredložíte (§ 46 ods. 1 daňového poriadku). Daňový subjekt preukazuje skutočnosti, ktoré ovplyvňujú správne určenie dane, aj vierohodnosť, správnosť a úplnosť svojich evidencií (§ 24 ods. 1).

K podobe dokladov:

• Účtovná jednotka predkladá účtovné záznamy „v podobe, v akej ich vedie a uchováva“ (§ 31 ods. 8 zákona o účtovníctve). Pri podvojnom účtovníctve vedenom v softvéri musí kontrolórom umožniť aj prístup do účtovného softvéru.
• Kto uchováva faktúry elektronicky, musí daňovému úradu umožniť prístup k nim, ich sťahovanie a používanie (§ 76 ods. 5 zákona o DPH).
• Faktúru v cudzom jazyku musí platiteľ na požiadanie dať preložiť do slovenčiny (§ 76 ods. 7).

V skupinách účtovníkov sa riešilo aj to, že kontrola žiadala fyzické pokladničné doklady, hoci ich firma vedie elektronicky. Zo zákona o účtovníctve vyplýva, že ak klient vedie pokladničné doklady elektronicky, predkladá ich elektronicky. Ak boli pôvodne na papieri a riadne sa transformovali skenovaním podľa § 33 ods. 5, originál sa podľa § 33 ods. 7 predkladať nemusí. Pri pokladničných dokladoch preverte najmä podpisový záznam (§ 10 ods. 1 písm. f) a § 32 ods. 3), teda ako je preukázané, kto platbu prijal alebo vydal. Ak sa podpis robí na papieri a sken nespĺňa podmienky transformácie, papier je stále originál.

Ako pripraviť export pre kontrolu

Zákon o DPH ani zákon o účtovníctve štruktúru exportu nepredpisujú. Kontrolórom však uľahčí prácu a vám ušetrí dopyty, ak pripravíte jeden ZIP súbor na každé kontrolované obdobie s prehľadnou štruktúrou:

1. 00_prehlad: zoznam dokladov (číslo, dátum, partner, základ, DPH) exportovaný z účtovného programu, napr. ako CSV alebo XLSX.
2. 01_vydane_faktury/2027-01/: XML e-faktúr, k nim voliteľne PDF zobrazenie s rovnakým názvom súboru.
3. 02_prijate_faktury/2027-01/: XML prijatých e-faktúr, papierové a PDF faktúry za dodania do 31. 12. 2026 zvlášť.
4. 03_pokladna/: pokladničné doklady a pokladničná kniha.
5. 04_banka/: výpisy z účtu za obdobie.
6. 05_dph/: daňové priznania, kontrolné výkazy a súhrnné výkazy s potvrdeniami o podaní.
7. 06_ostatne/: zmluvy, dodacie listy, objednávky, ktoré preukazujú, že plnenie sa uskutočnilo.

Názvy súborov držte jednotné, napríklad 2027-01_FV-2027-0012_odberatel.xml, a sledujte, aby číslo dokladu v názve súboru zodpovedalo číslu v účtovníctve.

Checklist archivácie pre účtovnú kanceláriu

1. Pri každom klientovi zapíšte, kde sa archivuje XML: u poštára, v účtovnom programe, v úložisku klienta alebo kancelárie. A kto za to zodpovedá.
2. Overte, či archív obsahuje pôvodné XML, nielen PDF zobrazenie alebo zaúčtované údaje.
3. Zistite podmienky poštára: ako dlho súbory drží a ako sa dajú hromadne exportovať, aj pri bezplatných balíkoch.
4. Nastavte pravidelný export XML, napríklad mesačne pri uzávierke, aby archív nezávisel od trvania zmluvy s poštárom.
5. Spíšte pre klienta spôsob uchovávania a postup transformácie. Zákon o účtovníctve ich počíta medzi účtovné záznamy (§ 35 ods. 3 písm. d)).
6. Pri skenovaní papierových dokladov dodržte podmienky § 33 ods. 5 a netlačte doklady, ktoré už boli transformované.
7. Označte doklady s dlhšou lehotou: investičný majetok, spory, neuhradené pohľadávky.
8. Pri zmene poštára alebo pri odchode klienta odovzdajte XML archív ešte pred skončením zmluvy.
9. Raz ročne vyskúšajte obnovu: otvorte náhodnú e-faktúru spred roka a overte, či ju viete zobraziť v čitateľnej podobe.

Širší prehľad o e-faktúre od 1. 1. 2027 nájdete v článku E-faktúra od 1. 1. 2027: kompletný návod pre účtovníkov.

Časté otázky

Ako dlho treba uchovávať e-faktúry?

Platiteľ DPH uchováva elektronickú faktúru 10 rokov od skončenia kalendárneho roka, ktorého sa týka (§ 85o ods. 15 zákona o DPH v znení od 1. 1. 2027). Rovnakých 10 rokov platí pre faktúry podľa § 76 zákona o DPH a pre účtovné doklady podľa § 35 zákona o účtovníctve.

Musím e-faktúru archivovať v XML, alebo stačí PDF?

Finančná správa vo FAQ k eFaktúre (verzie z 25. 5. a 12. 10. 2026) uvádza, že platiteľ je povinný archivovať e-faktúry v XML formáte. Manuál z 26. 8. 2026 síce píše, že faktúry možno uchovávať elektronicky aj naopak, ale bezpečný postup je uchovávať pôvodné XML. PDF slúži len na čítanie.

Uchováva e-faktúry za mňa poštár?

Nemusí. Podľa FAQ finančnej správy poskytovateľ doručovacej služby nemá zákonnú povinnosť uchovávať zaslané XML súbory. Za archív počas celej lehoty zodpovedá platiteľ, preto si XML treba pravidelne sťahovať a uchovávať mimo poštára.

Môžem elektronickú faktúru vytlačiť a archivovať na papieri?

Zákon o účtovníctve dovoľuje prevod z elektronickej podoby na papier len účtovnej jednotke, ktorá neuchováva záznamy elektronicky, a len pri dokladoch bez kvalifikovaného elektronického podpisu alebo pečate (§ 33 ods. 4). Od 1. 1. 2027 navyše platí, že záznam vo formáte predpísanom zákonom sa uchováva v tomto formáte. Pri e-faktúre preto tlač XML nenahrádza.

Môže daňová kontrola žiadať papierové originály dokladov, ktoré vedieme elektronicky?

Podľa § 31 ods. 8 zákona o účtovníctve predkladá účtovná jednotka účtovné záznamy v podobe, v akej ich vedie a uchováva. Ak bol papierový doklad riadne transformovaný skenovaním, originál sa podľa § 33 ods. 7 predkladať nemusí, ak osobitný predpis neustanovuje inak. Pri pokladničných dokladoch treba mať preukázaný podpisový záznam.

Čo sa stane s e-faktúrami, keď klient zmení poštára?

Pôvodný poskytovateľ musí klienta do 3 pracovných dní od skončenia zmluvy odregistrovať a nový ho zaregistruje. Prenos archívu medzi poskytovateľmi zákon ani FAQ finančnej správy neupravujú, preto si XML treba stiahnuť ešte pred skončením zmluvy.

Zdroje

1. Zákon č. 222/2004 Z. z. o DPH, znenie účinné od 1. 1. 2026 — § 71 ods. 3, § 76
2. Zákon č. 222/2004 Z. z. o DPH, znenie účinné od 1. 1. 2027 — § 76a ods. 2, § 85o ods. 15 a 19
3. Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve, znenie účinné od 1. 6. 2026 — § 10, § 31 až 36
4. Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve, znenie účinné od 1. 1. 2027 — nová druhá veta § 35 ods. 2
5. Zákon č. 385/2025 Z. z., vyhlásené znenie — čl. III: zmena zákona o účtovníctve
6. Zákon č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok), znenie účinné od 1. 9. 2026 — § 24, § 46, § 69
7. Finančná správa: Najčastejšie otázky a odpovede k eFaktúre — verzia z 25. 5. 2026, príklad 59
8. Finančná správa: Najčastejšie otázky a odpovede k eFaktúre — verzia z 12. 10. 2026, príklady 15, 18, 24 a 59
9. Finančná správa: Povinná elektronická fakturácia od 1. 1. 2027 (manuál) — 26. 8. 2026